根據相關法規和設計規范，初設階段收費系統設計主要適用于收費公路。具體如下：

一、收費系統適用的公路類型

收費系統（收費設施）屬于交通工程及沿線設施中的管理設施，其設置與否取決于該公路是否為收費公路。根據《收費公路管理條例》《公路法》等規定，可以依法收取通行費的公路包括：

縣級以上政府交通主管部門利用貸款或集資建成的公路國內外經濟組織受讓收費公路收費權或依法投資建成的公路

具體到技術等級和規模，符合條件的收費公路主要有：

高速公路（連續里程30公里以上，城市市區至機場的高速公路除外）一級公路（連續里程50公里以上）符合條件的長大獨立橋梁、隧道等

二、各類公路收費系統的設置特點

1. 高速公路（最主要的適用對象）
收費系統設計規范主要針對高速公路。JTG D80-2006《高速公路交通工程及沿線設施設計通用規范》專門規定了收費設施的設計要求，包括收費車道寬度（3.2m）、收費亭地下專用通道、收費天棚、收費系統計算機網絡與軟件平臺、聯網收費結算模式等。

初步設計階段，收費設施設計內容包括：收費方案及系統構成（收費制式、收費中心/分中心、收費站、收費信息傳輸、設備供電、防雷接地、收費軟件、收費土建工程等）、系統功能、軟硬件技術性能指標、機房設計要求、分期實施方案。

2. 其他封閉式收費公路（一級公路等）
滿足收費條件的一級公路等封閉式收費公路也可設置收費站。按規定，封閉式收費公路除兩端出入口外，一般不得在主線上設置收費站。

3. 非封閉式收費公路
非封閉式收費公路同一主線上，相鄰收費站間距不得少于50km。

三、收費系統的聯網要求

按規定，高速公路以及其他封閉式收費公路應當實行計算機聯網收費。收費系統計算機網絡由收費中心、收費分中心、收費站各局域網及其構成的廣域網組成，采用統收統分或按費率拆分等結算模式。

四、需要說明的要點

收費標準：收費公路的收費標準由省級物價部門會同財政部門制定審批：收費公路設置收費站須報省、自治區、直轄市人民政府審查批準二級及以下公路原則上不得收費（中西部連續里程超60公里的二級公路經批準除外）

總的來說，初設階段收費系統設計主要適用于高速公路及符合法定條件的其他收費公路（如封閉式一級公路、符合條件的橋梁隧道等），其中高速公路是收費系統設計規范的核心適用對象。